De Commissie beoordeelt een certificatiesysteem in eerste instantie op basis van systeemdocumenten. Daarna krijgt het systeem zelf de mogelijkheid om de beoordeling van de Commissie te becommentariëren.
Een belangrijke rol in de toetsingsprocedure is weggelegd voor het zogenaamde stakeholderforum. Op dit online forum worden milieuorganisaties, houtbedrijven en andere (internationale) belanghebbenden van duurzaam bosbeheer uitgenodigd om hun praktijkervaringen met een certificatiesysteem te delen met de Commissie. Na afloop van de toetsing rapporteert de Commissie hoe zij het commentaar van het stakeholderforum heeft laten meewegen in haar eindoordeel.
SMK faciliteert de voorbereiding en uitvoering van de toetsing van certificatiesystemen. De eindbeoordelingen worden bekrachtigd door de minister van Infrastructuur en Milieu. De samenstelling van de Commissie is zodanig dat kennis over de drie P's van duurzaamheid - People, Planet en Profit - aanwezig is.